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Arquivos são centrais para o UNIX de uma maneira não encontrada em outros sistemas operacionais. Comandos são arquivos executáveis, usualmente encontráveis em locais previsíveis na árvore de diretórios. Privilégios do sistema e permissões são controlados em grande parte através de arquivos. Dispositivos de I/O e arquivos de I/O não são distinguidos nos níveis mais altos. Até mesmo a comunicação entre processos ocorre através de entidades similares a arquivos.
O UNIX tem uma organização de diretórios hierárquica em formato de árvore conhecida como filesystem. A base desta árvore é um diretório chamado root directory. Em sistemas UNIX, todo espaço em disco disponível é combinado em uma única árvore de diretório abaixo do /, sendo que o local físico onde um arquivo reside não faz parte da especificação do arquivo UNIX.
O acesso a arquivos é organizado através de propriedades e proteções. Toda segurança do sistema depende, em grande parte, da combinação entre a propriedade e proteções setadas em seus arquivos e suas contas de usuários e grupos.
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